По четвертому пункту:
Если не менялась стандартная структура таблиц модуля и планируется использовать именно ее, то можно ничего не менять. Но в этом случае оба модуля будут работать с одними и теми-же данными.
Вообще текущее состояние модулей таково, что практически все запросы написаны вручную, каждый раз вычисляется название таблиц как в момент установки, так и во время выборок данных. Тоесть не достаточно поменять названия таблицы в одном месте - нужно просмотреть весь код и поправить все названия. Это для того, чтобы создать полностью автономный модуль. К сожалению, система пока (надеюсь, что именно пока

) не достигла того уровня, когда можно создавать модули при помощи наследования (ну тоесть теоретически можно, но не все, и это не удобно).
По пятому:
Если подключить 2 файла с одинаковыми названиями функций или классов - генерируется ошибка. Тоесть если установить оба модуля есть вероятность как раз запросить файлы с одинаковыми названиями.
По маршрутам - в модуле есть возможность создания шаблонов для чпу, если будет создано 2 одинаковых шаблона - то будет вызван первый попавшийся в списке (так было раньше, в новой версии пока до этого не дошел). Например, если задать два маршрута с шаблоном /news/, один для стандартного модуля, второй для своего - будет обработан первый в списке, причем как определен порядок в списке - я не очень понял.