Ich persönlich bevorzuge die Variante mit den Levels.
Man legt im Backen einfach Abschnittsüberschriften an, die nur zur Aufteilung der Menüs dienen.
(z.B. "Top-Menu" und "Left-Menu")
Diese sind nicht aktiv und auch nicht im Menü sichtbar.
Jeder Abschnittsüberschrift ordnest Du dann einfach die Seiten unter, die im jeweiligen Menü angezeigt werden sollen.
Die Seitenstruktur könnte dann z.B. so aussehen:
1 Top-Menu
1.1 Home
1.2 Impressum
1.3 Kontakt
2 Left-Menu
2.1 Seite 1
2.2 Seite 2
2.3 Seite 3
Hat den Vorteil, dass man im Backend sofort sieht welche Seiten wo im Frontend angezeigt werden.
Hat aber den Nachteil, dass, wenn man mit pretty URLs arbeitet oder die interne Seitenhierarchy verwendet, der Name des Menüs mit in der URL steht.
Bsp.:
www.deineDomain.de/top-menu/impressum.html
Wenn man die andere Variante nimmt - die mit dem exclude-, includeprefix oder items - dann kann man solche URLs umgehen, aber man kann im Backend nicht mehr genau sehen wo welche Menüpunkte im Frontend angezeigt werden.
Es wird einfach unübersichtlicher.
Außerdem müsste man bei dem Parameter items jedesmal, wenn eine neue Seite hinzukommt, im Template den Parameter anpassen.
Items bietet sich also nur bei vergleichsweise "statischen" Menüs an.
Um die Seiten im Frontend für das Menü entsprechend zu filtern, kann man dem Alias einer Seite auch einfach ein bestimmtes Präfix geben.
Also anstatt "home" -> "top_home" und im Template dann einfach mit z.B. exludeprefix="top_" für jedes Menü die entsprechenden Punkte anzeigen.
Aber auch hier erscheint der Name des Menüs mit in der URL (letztes Glied in der Hierarchie = Alias ->
www.deineDomain.de/top_impressum.html).
Außerdem müsste man das Alias dann für jede Seite von Hand eintragen.