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CMSMS presupone que la información de tu base de datos está codificada en UTF-8 pero seguramente la exportaste en ANSI (Latin1 ó ISO-8859-1). ANSI codifica las vocales acentuadas y otros caracteres con un solo byte y UTF-8 con dos (o más). Además, ese byte con que codifica ANSI estos caracteres no se corresponde con ningún carácter de UTF-8 y ahí los "cuadraditos" que dices que se muestran.

Así que lo primero que deberías de comprobar es si realmente exportaste la base de datos en UTF-8. Si usas Windows, programas como notepad++ te pueden ayudar a convertir de ANSI a UTF-8. En este programa, elige Formato > convertir a UTF-8 sin BOM.